Linha 1 - Avaliação Tecnológica em Saúde
Linha 2 - Doenças Parasitárias em humanos e animais: imunologia, taxonomia, eco-epidemiologia, tecnologias de controle, diagnóstico, clínica e tratamento com foco em parasitas dos gêneros Leishmania, Toxoplasma, Trypanossoma e Plasmodium
Linha 3 – Hepatites virais, DST, HIV/AIDS e suas co-infecções e complicações
Linha 4 – Atenção integral em doenças infecciosas
Linha 5 – Infecções produzidas por fungos em humanos e animais: eco-epidemiologia, clínica, patogenia, imunologia, diagnóstico, tratamento
Linha 6 – Patogenia clinica e epidemiológica das doenças virais
Linha 7 – Infecções graves: imunopatogenia, terapêutica, qualidade e organização
Linha 8 - Tuberculose e HIV
(De acordo com Proposta da CAPES – ano base: 2017)