O Núcleo de Inovação Tecnológica (NIT) do INI/Fiocruz funciona como uma assessoria ao Programa – dentre outros setores do Instituto. Sua função é apoiar pesquisadoras, pesquisadores e docentes em relação à propriedade intelectual, licenciamento de tecnologia, patentes e parcerias que envolvam acordos de cooperação científica, transferência de tecnologia e licenciamento. O NIT também realiza pesquisas em bases de dados para direcionar o desenvolvimento de projetos.