Para a avaliação de Índices relativos ao desempenho do Programa, tais como número de discentes matriculados, número de orientações concluídas no prazo, número de orientandos por docente, relação matriculados/egressos, participação de docentes em disciplinas, publicações de artigos com participação discentes, etc, há um controle permanente da equipe da Secretaria Acadêmica.
Os dados são atualizados constantemente e passados para a Coordenação do Programa em formato de apresentação no programa Microsoft PowerPoint. Sempre após a confecção dos relatórios anuais e quadrienais para a CAPES é realizada uma apresentação para o corpo docente do Programa. A partir desta apresentação, a Coordenação expõe os pontos fortes e fracos do Programa e são discutidas ações que sejam capazes de resolver os pontos fracos. Estes índices são obtidos a partir dos dados cadastrados na Plataforma Sucupira e, por isso mesmo, já ficam disponíveis para auditoria da CAPES.
A Fiocruz, desde 2019, vem construindo sua Política de Egressos, com a implantação do sistema de acompanhamento de egressos, componente do sistema de avaliação da educação na Fiocruz, visando contribuir para a autoavaliação, planejamento e gestão dos cursos.
